Ferdinando di Borbone, re di Napoli e di Sicilia, chiese solo nominalmente il ritorno delle isole maltesi nei suoi domini, ma, dopo la firma del trattato di Parigi del 1814 e con il congresso di Vienna del 1815, ebbe restituito il regno di Napoli e Malta divenne ufficialmente parte dell'Impero britannico dal 1816. Venne utilizzata come base di scambio e come quartier generale per la flotta, soprattutto per via della sua posizione geografica a metà strada tra Gibilterra e l'istmo di Suez sulla rotta per le Indie Orientali.

 

A Malta si sviluppò agli inizi del XX secolo un forte irredentismo in favore dell'unione dell'isola al Regno d'Italia, che si intensificò nel 1919, quando le truppe del Regno Unito spararono su un corteo di cittadini che manifestavano contro nuove tasse. L'avvenimento, noto come Sette giugno (in italiano), è commemorato ogni anno come festa nazionale. Il sentimento filo-italiano fu ostacolato dal Regno Unito specialmente durante il periodo del fascismo in Italia, ma anche e soprattutto nel secondo dopoguerra. Nel 1930, per via della vicinanza culturale e geografica all'Italia, che sotto il regime fascista stava aumentando la sua aggressività, la Flotta Mediterranea inglese venne spostata ad Alessandria d'Egitto. Il Regno Unito impose la propria lingua, vietando quella italiana, e prese tutto il potere politico ed economico.

 

Questa situazione di sfruttamento coloniale provocò l'aumento delle richieste nazionaliste e il Regno Unito dovette concedere una nuova costituzione, aumentando il numero di eletti maltesi al Consiglio legislativo maltese e riconoscere la lingua maltese nel 1934. Da quello stesso anno, poco prima dell'emanazione delle sanzioni economiche all'Italia fascista, l'italiano non fu più la lingua ufficiale dello Stato, cosa che comportò un processo di de-italianizzazione da parte del Regno Unito nell'intero arcipelago maltese e che culminò, durante la seconda guerra mondiale, con l'esecuzione dell'irredentista, nonché agente segreto fascista, Carmelo Borg Pisani da parte dei militari del Regno Unito.

 

Durante la seconda guerra mondiale, Malta ricoprì un ruolo importante per via della sua vicinanza ai territori dell'Asse, tanto che venne assediata da italiani e tedeschi per più di due anni, ma mai conquistata: il Regno Unito aveva capito la sua enorme importanza strategica (invece inizialmente sottovalutata dall'Asse) e fece ogni sforzo per non perderla; nel contempo, dalle basi sull'isola le loro forze aeronavali uscivano per attaccare, con devastanti risultati, i convogli che trasportavano rifornimenti nel Nordafrica alle truppe impegnate in Libia. Grazie al coraggio dei suoi abitanti, Malta venne insignita della Croce di re Giorgio VI, sovrano del Regno Unito, ora visibile sulla bandiera maltese.